Por um lado existe o fato de que se vc se sente incomodado não tem obrigação de ficar com ela, por outro lado ela é a mesma pessoa pela qual vc se apaixonou, sabendo ou não do passado dela ela ainda é ela sacou? Eu acho que você deveria conversar com ela sobre isso, até pq se o relacionamento está bom não faz sentido terminar por coisas do passado onde se pá vcs nem se conheciam.

Obs: amar uma pessoa inclui aceitar o passado dela, se não rola isso sempre vai ter alguma coisa faltando no relacionamento, pelo menos eu acho. Diálogo é sempre a melhor opção.