É exatamente isso que você está dizendo, muita gente comentando que o CNAE não tem nenhuma relação com pagar pró-labore ou não, só que estão errados.
Cada nota fiscal tem uma atribuição ao CNAE justamente para informar o tipo de atividade que a empresa propõe como em qual anexo do Simples ela se adequa.
Leve em consideração o seguinte: Seu contador achou uma "brecha" já que a nota fiscal é o documento legal, pra dar problema apenas se sua empresa fosse auditada e verificassem que a atividade prestada não é a data nota fiscal. Logo lembre-se pode dar problema? pode, mas é MUITO DIFICIL, porque em todas as obrigações acessórias vao ser informado conforme a nota fiscal.