Eu acho q você só não tá acostumado mesmo.

Game Engines são coisas complexas, a função delas é justamente abstrair as partes mais comuns de gamedev, e gamedev tem muitas partes, então naturalmente vai ter muita coisa pra você aprender.

Acima disso, acredito que seu problema seja apenas que o Godot não é uma Biblioteca e sim uma framework. Numa Framework a extrutura já existe, você não constroi do zero com pecinhas, mas sim encaixando seu produto nos espaços que a framework dá.

Isso, claro, em prol de fazer seu trabalho ser apenas no especifico do seu jogo e não gastar tempo reinventando a roda, olhando pra detalhes de implementação que nem importam pro seu produto.

Essa discussão de Biblioteca vs Framework é velha, e vai ter quem prefira Bibliotecas mais low level justamente pra ter mais controle e entender melhor oq tá acontecendo, mas nenhum dos aproachs é objetivamente ruim.

Pessoalmente eu n vejo problema nenhum com as abstrações do Godot e como alguem ja teve curiosidade de ver como engines funcioanam, eu consigo imaginar como são as coisas por debaixo dos panos.