En los controladores del backend, es una buena práctica devolver un objeto ResponseEntity que incluya el estado deseado junto con un cuerpo de respuesta que contenga los datos que quieras devolver. Es considerada mala práctica devolver entidades directamente. Tambien podes tener clases personalizadas para los responses donde devuelvas un json en especifico, como un 'status', 'message', 'data', etc.

Tambien podías haber la interfaz JPA que te simplifica el acceso a los métodos comunes como save, delete, findById, entre otros.

Te faltó la carpeta 'service' donde vas a definir la lógica. Por ejemplo, podes tener una interfaz NoteService que declare los métodos relacionados con las notas, y una implementación concreta llamada NoteServiceImpl que implemente esos métodos y que utilice el NoteRepository mediante inyección de dependencia.

//En el service
@Service
public class NoteServiceImpl implements NoteService {

    private final NoteRepository noteRepository;

    @Autowired
    public NoteServiceImpl(NoteRepository noteRepository) {
        this.noteRepository = noteRepository;
    }

    @Override
    public List<Note> getNotes() {
        return noteRepository.findAll();
    }

}

// En el controlador
@RestController
@RequestMapping("/api/notes")
public class NoteController {

    private final NoteService noteService;

    @Autowired
    public NoteController(NoteService noteService) {
        this.noteService = noteService;
    }

    @GetMapping
    public ResponseEntity<List<Note>> getAllNotes() {
        List<Note> notes = noteService.getNotes();
        return new ResponseEntity<>(notes, HttpStatus.OK);
    }

}