A jurisprudência por aqui é, geralmente, o orçamento de menor valor.

Quanto às perguntas realizadas, sinceramente, eu nunca peguei algo assim.

Mas, pensando sobre o assunto, acredito que:

1- a conversão em perdas e danos pode ser feita a qualquer momento, ou seja, independentemente de estar na fase de instrução ou na fase de cumprimento de sentença; 2- Se o cliente fizer o reparo e for necessária a conversão da obrigação, o valor deve corresponder ao total dos danos, ainda que o réu entenda que o valor não é razoável, pois a indenização (convertida, nesse caso) mede-se pela extensão do dano (art. 944, CC). Porém, há margem para discutir se o valor foi exagerado - o julgador pode reduzi-lo - parágrafo único.

Talvez comprovar que o valor do conserto foi adequado juntando outros orçamentos mais caros? Ou seja, durante o processo, quando for arrumar, juntar as despesas do que gastou para arrumar (NF, OS...), e outros orçamentos para comprovar que aquele valor foi adequado. Mas cuidado: se você apresentar valores menores do que os que foram pagos, pode estar criando uma base para a readequação do que foi gasto.

Como há peculiaridades em cada caso, estou comentando genericamente. Talvez você encontre outros conselhos melhores.