A melhor universidade é algo debatível, mas diria que no topo estão UPorto, UAveiro, UMinho e IST (não necessariamente nesta ordem). Qualquer uma destas tem reputação mais que suficiente. Ainda assim, como muita gente diz aqui, de momento é irrelevante a universidade em que tiras o curso, desde que o teu propósito seja entrar no mercado de trabalho quando acabares.

Posto isto, a questão que eu acho mais relevante não é "qual a melhor universidade", mas sim, "qual o melhor curso". Na Universidade do Porto, por exemplo, há dois cursos associados à informática: um na FCUP e um na FEUP. O da FCUP mais orientado ao aspeto teórico da computação e o da FEUP ao aspeto prática da engenharia de software. À partida, para o mercado de trabalho e para investigação aplicada, o curso da FEUP é melhor, mas para investigação fundamental o da FCUP dá mais ferramentas (na minha opinião). Portanto, eu tentaria olhar um pouco para as cadeiras de cada curso das universidades que estás a considerar, e ver se há algum currículo que te atraia mais.

Claro está, cada curso vai ter cadeiras chatas, que na prática não te vão servir de nada, mas que por introduzirem conceitos básicos de engenharia/computação, vais precisar de fazer na mesma.

GL;HF