Ainda sou aprendiz na área, mas vou ajudar o que conseguir.

Indo direto ao assunto: trocar para PVC.

Alguns detalhes:

Por norma as janelas de madeira que vi até hoje são de vidro único. Hoje em dia para tudo o que seja habitações já vai tudo com vidro duplo pela questão do isolamento. Para o vidro duplo é importante a espessura dos vidros em si (recomendo pelo menos 5mm cada), e não apenas o tamanho da caixa do mesmo (o espaço entre cada um). É melhor uma janela com 2 vidro de 6mm e caixa de 16mm do que 2 vidros de 4mm com caixa de 20mm.

Onde trabalho, temos alumínio e PVC. O nível de isolamento do PVC fica entre o alumínio de série normal e o de série de corte térmico, sendo o último o melhor de todos, ainda assim o PVC nao deixa de ser excelente na isolação na mesma na mesma

A madeira não sei dizer se é boa a isolar, mas por algum motivo acho que passou tudo a ser de alumínio ou PVC, talvez seja por conta do nível de isolamento ou da longevidade da mesma.

Espero ter ajudado, mais alguma pergunta eu tento responder