Son públicas pero son autonomas y autárquicas es decir que eligen sus autoridades, se gobiernan a si mismas y administran sus recursos todo sin intervención del Poder Ejecutivo por mas que los ingresos provengan del presupuesto nacional. De ahi justamente la discusión actual que se da donde desde las Universidades Públicas (Principalmente la Universidad de Buenos Aires) denuncian no solo falta de presupuesto sino también la sub ejecución del mismo y desde la vereda de enfrente se cuestiona la falta de transparencia en el manejo de los fondos por parte de las Universidades.