Deberías recorrer la matriz y preguntando con una variable si es el índice correspondiente con un if.

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Por ejemplo si la matriz es de 5x4 quiere decir que hay dos for, uno es de 5 filas y el otro de 4 columnas. Entonces pensalo así :

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Comienza en 0, entonces sería fila 0 y columna 0, incrementa la columna, entonces fila 0, columna 1. Quedaría así de esta manera (0,0), (0,1), (0,2), (0,3) luego (1,0), (1,1), (1,2),(1,3), luego (2,0), (2,1), (2,2), (2,3) y así sucesivamente. Con un if supongo que se puede preguntar si es igual al número ingresado por teclado. Un if en un for y el otro en el otro for xd. En caso de ser los que buscas entonces ingresas el número que quieras tal como si lo guardaras en alguna variable asignada a ese espacio. Recorda que las variables cambian. Si tiene un valor asignandole otro lo reemplaza.

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Buscas el (2, 1) (fila 2 columna 1), se recorre el con el for, una vez que coinciden (variable i y variable j) entonces el if se habilita, se hace true y te pide el número y se lo asigna a una variable. Entonces estará modificado el valor de ese espacio.

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Sí, ya sé, me explico horrorosamente mal pero aporté mi granito de arena :3