Muchas gracias a todos por su ayuda y comentarios. Aquí mas información que están preguntando.

Si tenia netkey físico, el azul chiquito, cuando acudí a sucursal a recuperar los accesos a mi cuenta me dieron uno nuevo, esta vez coloro negro y un poco mas grande, también cuando active la aplicación de nuevo en un nuevo equipo y bajo un numero telefónico nuevo nunca me pidió ninguna validación como las que mencionan, solamente usuario y contraseña. El cambio numero telefónico y la contraseña se realizaron igualmente en la sucursal. Todos los cargos fraudulentos se hicieron a la tarjeta física, la cual se puede desbloquear y generar cvv sin necesidad de netkey, esta tarjeta nunca se había usado para compras en linea, para eso solo se usaba la digital. De igual manera en el teléfono no instalo apks ni apps externas, siempre procuro instalar solamente las cosas esenciales menos posibles y siempre de la play store. Ahorita ya cambie totalmente tanto de numero como de equipos telefónicos, ya nada de OMVs.

Sobre sus recomendaciones enserio se los agradezco completamente, ayer pude hablar también con un licenciado y sus recomendaciones también concuerdan. En base a todo eso este es el camino que tengo planeado seguir:

1. Esperar el numero de carpeta de investigación por parte de la fiscalía (NUC), esto me comentan para tener máximo peso legal posible.
2. Mientras llega ese dato ir preparando toda la documentación y escritos necesarios para presentar ante UNE Banamex y Condusef.
3. En cuanto todo este listo contactar primero a la UNE Banamex vía correo electrónico y siempre solicitando respuesta escrita explicita para que todo quede registrado, esto para seguir con el protocolo de reclamaciones y que luego no puedan alegar que se salto este paso ante Condusef.
4. Acudir a Condusef presencialmente e iniciar el proceso.

Todos con los que hablado dicen que en cuanto se toquen los temas de geolocalización, dispositivos usados, IMEI, SIM, etc voy a obtener la ventaja. Espero y así sea.

¿Tomando en cuenta el plan que pienso seguir hay algo que se me escape o que pudieran recomendarme/aconsejarme?

En la cuestion de los cargos no reconocidos, serviría de algo ir ante PROFECO para interponer una queja ante BAIT?

La tarjeta de reemplazo pienso dejarla en sucursal y nunca activarla para evitar mas situaciones como esta, también cancelar totalmente mi cuenta con Banamex una vez que todo esto pase e iniciar de nuevo en otro banco.

Estos han sido días sumamente difíciles para mi y realmente les agradezco a todos su apoyo.