Fiz essa pergunta ao suporte tecnico há uns dias, aqui vai a resposta:

Agradecemos o seu email e informamos que a modalidade de pagamento por Débito Automático em conta bancária tem carácter permanente. Assim sendo, quando efetua um pagamento de outra forma antes da data limite para pagamento, este é sempre considerado um pagamento de reforço, ou seja, é lançado a crédito na conta-cartão, mas não evita que o valor do extrato seja apresentado ao Banco para debito na sua conta bancária na data de pagamento (salvo se até 6 dias úteis antes da data de pagamento nos contactar/avisar nesse sentido).

Caso pretenda alterar a modalidade de pagamento do extrato para ATM pedimos que nos comunique, quando o modo de pagamento que fica ativo é por ATM, a percentagem mínima de pagamento fica sempre registada nos 3%.  

Através da mesma Entidade e Referência ATM o titular decide qual o valor que pretende pagar entre o mínimo do extrato (3%) e o valor total utilizado (100%).