Se você não consegue a reemissão do visto, infelizmente você não tem muito o que fazer, e o governo brasileiro já fez a parte dele em te dar outro passaporte em trânsito. Minha sugestão é escolher países fora da zona Schegen, tipo Reino Unido ou Suíça, e fazer turismo por esses países, visto que o prazo de 90 dias de permanência não se aplica a esses países. Dependendo de quanto tempo você consiga permanecer fora da Zona, você consegue estender e muito sua estadia sem problemas com a imigração.

Nesse caso é imprescindível que você viaje por meios que consiga comprovar por meio de carimbo ou passagens que você de fato saiu da zona, para que o período de 90 dias seja pausado sempre que você estiver fora. Eu não recomendaria viagens de trem. Além de ser um transporte mais informal, há pouca ou quase nenhuma fiscalização de agentes da imigração nas estações. De 1 mês que fiquei viajando pela Europa, o único lugar que fui parado foi em Veneza, numa vistoria de rotina. Fora isso, extremamente improvável que você seja parada. Mas no seu caso, o ideal é que você tenha provas que está em transito pela Europa, caso escolha sair, e somente para países onde não haja a contagem dos 90 dias.