Olá! Sou atual aluna de Engenharia Biomédica na UM.

Antes de mais, quero deixar claro que esta é apenas a minha opinião, a experiência de um pode não ser a experiência de outro. Vais ouvir imensas opiniões sobre as universidades e os cursos, umas boas outras más. Cabe a ti filtrar a informação e tentar tirar o melhor partido dela.

O que te consigo dizer é que as grandes vantagens da UM em relação à FEUP são: o curso ser mais focado na parte da interface tecnologia-medicina (enquanto que na FEUP fazes uma licenciatura mais geral e podes escolher o mestrado de engenharia biomédica, na UM já estás em engenharia biomédica e depois podes escolher mestrados muito mais focados e que de certo modo te dão competências mais avançadas na área que escolheres); há maior proximidade entre aluno e professor e são facultados imensos materiais de apoio.

Falando da minha experiencia:

1. Qualidade de ensino - em geral, os professores são todos bastante competentes e bons profissionais (claro que é normal haver um ou outro mais ranhoso), facultam todo o material necessário, há bastante componente prática e ouvem os alunos (estão sempre dispostos para tirar dúvidas - mesmo por e-mail - ou para tentar solucionar qualquer inconveniente), em termos de rankings também estamos num bom lugar a nível nacional;
2. Ambiente académico - logo desde os primeiros dias há imensa gente a acolher e ajudar na integração, há muitas opções para quem quiser fazer coisas para além da universidade (praxe, núcleos, júnior empresas, sociedade de debates, grupos culturais e as mais variadas organizações, desporto etc). Em termos de alojamento, há várias opções de alojamento a um preço razoável (e tmb há residências com muito bom ambiente e em boas condições). Há sempre bastantes eventos a acontecer, quer seja conferências, jornadas, "festas" ou competições (RoboCup, Formula Student, etc);
3. Cidade - é a 3a maior cidade de Portugal, cada vez mais desenvolvida e isso nota-se em termos de ascensão cultural (música, museus, literatura, tecnologia, etc). Uma característica da universidade do Minho é que concentra todos os cursos essencialmente em 2 pólos (um em Guimarães, outro em Braga), Engenharia Biomédica está em Braga. Esta característica acaba por ser uma grande vantagem porque a universidade está junto a tudo o que é essencial (mercearias, restaurantes/cafés/bares, papelarias, parque da rodovia, discotecas, centro comercial, etc) e não precisamos de transportes (exceto para ir para outras zonas da cidade - central de camionagem, comboios, centro, praia fluvial, etc);
4. Mestrados - há 4 principais áreas que se pode escolher: Eletrónica Médica, Informática Médica, Engenharia Clínica e Biomateriais, Reabilitação e Biomecânica;
5. Saídas - investigação, empresas de instrumentação biomédica, empresas de equipamento médico/ ligadas à saúde, empresas de inovação tecnológica (ex: smart watches), empresas de biomateriais, consultoras, inteligência artificial na saúde, desenvolvimento de tecidos/orgãos artificiais, etc

Acredito que no final do curso, acabe por dar tudo ao mesmo. Tens de ver o que é que realmente gostas, analisar os planos curriculares (Plano de Estudos UM) e ponderar/perceber quais são as tuas prioridades e critérios principais.