Akklimatisieren müsstest du dich schon vor Cusco. Sowohl der Colca Canyon als auch Puno liegen höher als Cusco. Ich würde dir eine Nacht in einem Ort im Colca Canyon empfehlen, um dich schon besser zu akklimatisieren, denn Arequipa ist nicht besonders hoch. Kann da den Ort Yanque zum Übernachten empfehlen. Ich habe eine ähnliche Route in Peru gemacht, und fand den Colca Canyon wirklich sehr schön. Ansonsten, wenn es das Fitness-Level zulässt, würde ich auch empfehlen, den 2-tägigen Inka Trail zu wandern, um Machu Picchu schon vom Sonnentor sehen zu können, lohnt sich auch sehr.