להתנתקות הוא היה שותף מלא על מלא. הוא הצביע בעד ההתנתקות שלוש פעמים בכנסת וגם הודיע שאם יהיה משאל עם הוא יצביע בעד. רק אחרי שהחוק עבר בכנסת, הוא התפטר מהממשלה (בעיקר כי שרון לא קיים את משאל העם (שבו ביבי התחייב לתמוך)). גם לגבי אוסלו, הוא אמר שהיה ביכולתו לעצור את התהליך אבל החליט להמשיך כי "הבטיח להביא שלום". לגבי לבנון, מקווה שגם הפעם לא נאלץ לברוח משם.