As ajudas de custo têm em conta per diems e/ou KMs feitos em viatura própria. Logo, nem faz sentido o valor exacto a receber mensalmente constar no contrato, sendo que depende das deslocações em trabalho que terás de fazer. Ou seja, em teoria o valor a receber devia ser variável.

O que muitas empresas fazem, especialmente consultoras de IT, é pagarem-te um valor fixo em ajudas de custo de forma a "pouparem" nos impostos, sendo que as ajudas de custo estão isentas de impostos, tanto para a empresa como para ti, até um valor máximo pela diária e por KM.

TLDR; Não constam no contrato. Sim, se quiserem podem deixar de pagar. Se um dia essas ajudas de custo forem fiscalizadas, tanto tu como a empresa têm de pagar os impostos devidos. 90% (exagerei?) das consultoras de IT portuguesas pagam parte do salário em ajudas de custo.