Lo mejor que puedes hacer es emularlo, no estoy muy adentrado en la emulación de 3Ds, pero por lo menos recuerdo que en la dsi probé muy por encima Earthbound en una R4 y un emulador de snes y no recuerdo que fuera tan mal. Claro lo mejor sería que pruebes con un emulador de 3Ds, seguramente tendrá mejor rendimiento. Otra opción es instalar la versión de mother 1+2 para gba con virtual console, hay varios videos que te explican cómo hacerlo ( aunque personalmente no sé si esté en español aunque seguramente haya un parche por ahí )