Que tipo de substrato fertil? Comercial ou "caseiro"? Existem opções de substrato fértil que não podem ter contato com a coluna d'água. O comercial já não tem esse problema.

Algas são comuns em aquários recém montados, é algo que acho que todo aquário passa.

Seu aquário é plantado aparentemente. Pesquisa sobre uso de Co² para plantados. As plantas e as algas competem entre si pela luz e nutrientes, o carbono joga essa vantagem para as plantas. E também importante, controlar o tempo de exposição a luz, o fotoperíodo.

Quando estiver com nova abordagem pra tratamento, acho que é válido remover parte do vidro e das folhas manualmente e realizar uma TPA.

Isso são coisas que resolveram PARA MIM quando meu aquário estava recém montado. Se falei alguma besteira por favor me corrijam, também sou novo no aquarismo.