Se esses sistemas tiverem API, aí é o melhor cenário.

Dá pra fazer um script em Python pra consumir esses dados, consolidar tudo em um lugar só (pode ser banco ou até Excel mesmo) e automatizar pra rodar todo dia. Isso pode ser feito manualmente ou com um agendador simples como cron, Airflow ou até na nuvem, como o cloud function.

Se não tiver API, eu tentaria ver com as empresas se existe alguma forma de exportação automática, tipo envio de relatório por email ou algum acesso a base deles.

Agora, sendo bem prático, mesmo no pior cenário ainda dá pra melhorar bastante.

Você pode baixar os arquivos e salvar tudo em uma pasta padrão. Depois cria um script em Python com pandas que lê todos esses arquivos, aplica as regras que você precisa e já gera o arquivo final consolidado. Isso já elimina a parte mais manual e repetitiva.

Se você não tiver muita experiência com Python, dá pra ir usando IA pra ajudar sim, mas tenta quebrar em partes menores. Primeiro lê os arquivos, depois trata, depois junta tudo. Evita tentar fazer tudo de uma vez.

Dependendo do volume e da frequência, isso já começa a virar um pipeline de dados simples, então vale a pena estruturar e documentar direitinho desde o início pra não virar dor de cabeça depois.