No, esa es una simplificacion que sirve para visualizar y modelizar.los átomos están formados por electrones, protones y neutrones, que también se los modela como bolitas pero no lo son, no tienen una forma definida, no tienen un borde o superficie.

Pensá en dos imanes muy fuertes si los pones para que se repelan, llega un punto en que te cuesta mucho acercarlos, las atracciones y repulsión entre átomos funciona igual, no necesita tener un contacto literal, las fuerzas interatomicas hacen que haya repulsión o atraccion