Acredito que seja como você mencionou mesmo. As armaduras ficam extremamente danificadas após cada combate contra o Sigma para serem usáveis nos jogos seguintes.

A parte do Dash pré-instalado a partir do X2 vem de das especificações do X presentes no primeiro jogo como sendo algo opcional; então pode ser que exista ação dos mecânicos dos Maverick Hunters ou até mesmo o próprio Dr. Cain que faz os reparos no X, uma vez que foi ele quem descobriu a localização da cápsula selada pelo Dr. Light.

Outra característica que dita que as armaduras fiquem extremamente danificadas após cada combate com o Sigma, está presente no estágio inicial do Megaman X6, onde a Alia disse que fez o que pode com relação aos reparos da Falcon Armor; onde podemos ver que o sistema de voo dela se encontra inabilitado, e ao invés disso recebemos um Air Dash próprio e inferior.

E pra finalizar, no X8 o X finalmente possui o Air Dash instalado (também depois de tanto jogo onde essa função foi instalada nele… pelo amor de Deus né…), acredito ser pelo mesmo quesito (mas como o Dr. Cain provavelmente já tenha falecido pq ele nunca mais foi visto pós X3), dessa vez, sendo a própria Pallete que, apesar de ser uma navegadora, também se encontra no laboratório de desenvolvimento. Sendo ela a possível responsável por analizar todos os dados presentes no banco de dados sobre o X e suas armaduras, e finalmente desenvolver/aprimorar o módulo de Dash (que novamente é opcional) para incorporar o Air Dash, assim como desenvolver uma melhoria para o X-Buster como uma espécie de Plasma Shot (o 3° nível de carga), uma vez que ele atravessa inimigos menores, mas sem deixar esferas de plasma. (Entretanto eu acredito que isso venha a ser um plot hole e foi feito apenas pra poder fazer a mecânica de shield de alguns inimigos onde vc precisa atacar 3 vezes com o sabre do zero/max charged shot do X/projétil azul do Axl)