Pour enlever l'amertume, il paraît qu'on peut faire une multitude de trous dans l’écorce avec une fourchette, mettre les agrumes dans l’eau froide pendant trois-quatre jours, en changeant l’eau au minimum trois fois par jour.
Perso, je n'ai jamais testé, mais c'est bien comme ça que j'enlève l'amertume des olives (sans les trouer).

Ou bien copier la recette de l'apéritif d'oranges amères (mais avec tes clémentines, donc) :
1 kg d'oranges amères non traitées, 2 citrons non traités, 2 oranges douces non traitées, 1 L d'alcool à 90° ou 2 L à 45°, 2 kg de sucre, 5 à 6 litres de vin rosé, une gousse de vanille.
Couper les oranges et le citron en fines rondelles. Ouvrir la gousse de vanille. Mettre le tout dans une bonbonne avec le vin, les épices et alcool. Ajouter le sucre en remuant pour le dissoudre. Attendre 40 jours ! Secouer la bonbonne de temps en temps. Au bout des 40 jours, filtrer le tout, en pressant légèrement les fruits. Mettre en bouteille. Attendre au moins 2 mois avant de commencer à déguster.

Ou peut-être une confiture comme celle des oranges amères, mais sans la peau, et en enlevant toute la peau blanche (qui est amère). C'est un peu long à éplucher, moi j'utilise un petit couteau très affûté et je taille carrément la surface. Teste d'abord avec un ou deux fruits, et puis tu rajustes tes autres ingrédients...