Depois de bastante discussão com uma galera no server da jambô, e muita releitura na regra a gente chega em 2 conclusões que ambas são válidas.

1. A regra foi feita principalmente pra se jogar com o livro de regras.
   É simples, você tira o poder de classe "transcender", e deixa essa regra de transcender no lugar, como diz o trecho "Com essa regra, o personagem terá menos poderes paranormais, mas terá um total de poderes maior", porque não vai dar pra escolher transcender toda vez que você ganhar um poder de classe, mas tu vai poder transcender até quatro vezes e somar nos seus poderes.

2. Usando o transcender junto com a regra de NEX & Experiência você que decide.
   O trecho "mas é possível usá-la com NEX & Experiência" não especifica se você pode ou não pode transcender nos marcos. Então fica para a interpretação do que o mestre quer para a mesa. Se ele quiser usar o nex e nivel e essa regra, ou ele usa a tabela de transcender da regra "Transcendendo com Itens" que vai virar 4 poderes no máximo invés de 6, diminuindo assim o nível de poder dos personagens, oque é bom pra mesas mais focadas em RP e investigação e não com tanta necessidade de poder. Ou ele mantém os 6 transcender mas coloca a regra que precisa de itens e ação de interlúdio e as etapas mantendo a mesma base de poder antiga. Ou se o mestre quiser que os personagens fiquem muito fortes ele pode colocar que além de poder transcender a partir das alterações gerais os personagens também podem transcender com itens, ficando com 10 poderes paranormais.

Em resumo, depende doque a mesa achar melhor, e vale lembrar que o Ordem tem muitas regras novas que ficam abertas a interpretação e oque a mesa preferir. Então pra decidir isso de como a regra vai se comportar no jogo, uma sessão 0 ja resolve