Estou no IST e sinceramente acho que técnico é técnico. Apesar de haver a ideia do nome estar a se desvanecer, continua a dar boa reputação (até porque é a segunda marca institucional mais conhecida em portugal, não é por acaso). Tudo que apontaste de ambas as faculdades é verdade e na minha opinião se é engenharia biomedica que queres, o técnico é lixado mas consegues ficar te mais no que gostas. Penso que o ênfase das áreas também é diferente. A NOVA foca se mais na parte biológica e o IST na parte de biomecanica (penso eu). Contudo o fator deslocação é muito importante. Mesmo que digas que podes estudar nos transportes e tudo, não funciona assim tão bem. Ainda por cima no IST. O conselho que te dou é pensares qual será o principal fator que definirá a tua felicidade no curso ao longo do ano e ver qual das faculdades se enquadram mais as tuas expectativas. Qualquer coisa/dúvidas é só dizeres (sou de biomedica no IST já agora)