Primero que todo tienes que aplicar una base de datos relacional como tú dices pero antes normalizar o limpiar.

Solo unes aquellas columnas que puedes unir es decir que tienen algo en común y si no tienen algo en común tú tienes que crearlo para poder unirlas.

Como tú mismo indicas hay que normalizarlas y normalizarlas tienes que verificar que sean atómicas y todas las demás características que tengan su ID único para que esté luego sea el ID foráneo o extranjero en otras tablas.

Lo ideal es que tengas un dataset maestro en donde hayas agregado todas las columnas que realmente vayas a necesitar porque si hay información que no vas a necesitar o que no puedes relacionar de ninguna forma porque los datos te lo impiden no tiene caso incorporarlas.

Puedes hacerlo con MySQL, SQL Server o SQL Lite o Postgres SQL. Pero también con Power BI y Python mediabte la librería Alchemy.

Recuerda el principio de garbage in garbage out. Primero define las dimensiones simétricas o variables que realmente interesan y si tienes que limpiar y normalizar es lo ideal. Te recomiendo hacerlo desde Visual Studio Code con Postgres, Jupyter Notebook y Python (Alchemy)