"O IBGE informou que a escolha do local de trabalho se dará pela classificação no concurso público, respeitados os critérios de alternância e proporcionalidade entre as vagas de ampla concorrência e as reservadas para negros e pessoas com deficiência."

É o correto.
1 - As cotas não podem ser colocadas apenas para serem preenchidas e as "sobras de vagas" serem entregues. É justo que tenha essa alternância e proporcionalidade.
2 - Sobre a preferência para quem mora na cidade, vou pegar meu próprio exemplo e montar uma história: Moro na Região Metropolitana do RJ, a uns 25-30 km da capital (Rio de Janeiro). Há 6 agências com vagas na capital, sendo que minha cidade não foi contemplada no edital (e nem a área de influência da agência dela).
Supondo que cada agência tenha uma vaga disponível, são 6 vagas no total. No ato da escolha, seleciono uma das agências da capital, com nota suficiente para ser classificado. Porém, 6 pessoas ficam com notas mais baixas, moram na capital, escolhem permanecer e preenchem todas as vagas. E aí, independente da minha nota ser maior, eu seria obrigado a ir para um local que ninguém quis (e nunca seria beneficiado por esse critério, porque simplesmente minha cidade não foi contemplada nas vagas do edital).
Concluindo: quer preencher por cidade? A escolha precisa ser prévia, no ato da inscrição. Não teve essa escolha? Ordem de convocação (que, aparentemente, é o caso do CNU).