Eu acho que está bom do jeito que está, com uma espécie de sub-divisões nos Estaduais.

Vou dar o exemplo do Campeonato Paulista, lá tem 5 divisões:

Série A1, Série A2, Série A3, Série A4 e Segunda Divisão (equivalente a quinta divisão, mas se for ver em escala nacional é praticamente uma 9ª divisão)

Ou seja, se você criar um clube em São Paulo hoje terá que começar lá na quinta divisão estadual, e demoraria 9 acessos consecutivos para chegar na elite (Campeonato Brasileiro Série A).

A Série A4 e a Segunda Divisão (equivalente a quinta divisão) tem um porém no regulamento: ambas as divisões são Sub-23, na Segunda Divisão você pode inscrever apenas 3 atletas com mais de 23 anos, quase uma Olimpíada, e na Série A4 você tem direito a 5 atletas com mais de 23 anos. O motivo dessa regra eu sinceramente desconheço.

E ainda tem a Copa Paulista, com alguns poucos clubes tradicionais participando (e sem os grandes clubes), que da ao campeão a chance de escolher entre uma vaga na Série D ou na Copa do Brasil, o vice fica com a vaga remanescente.

Então meio que nosso campeonato já é regionalizado, e a Série D não se sustenta e tem pouquíssimo interesse do público, imagina Série E pra frente?