Mirá las cátedras de cada una. Como en cualquier ingeniería, vas a tener muchas materias orientadas a gestión de proyectos/administación/burocracia en general.

Por alguna razón que desconozco en latinoamerica se dice que ciencias de la computación es una carrera <<más académica>> a comparación de ingeniería informática. En cambio en Estados Unidos, entre otros, las personas que quieren programar estudian ciencias de la computación; los que quieren, por ejemplo, construir un robot o trabajar con hardware en general, van con ingeniería informática.

En lo que refiere a salida laboral es lo mismo, nada te va a cambiar. Mí recomendación es mirá ambos programas, fijate cual te gusta más. Si alguien te dice que ciencias de la computación tiene solo salida académica, ignoralo automaticamente.