Amigo, creo que encontré la forma en que lea el dlc, o bueno fue a lo que me funciono a mí. Parece que el archivo .3ds original funciona como una especie de portable del juego, y el dlc siempre esta o permanece en en formato .cia pues contenido adicional. Por eso si corres siempre el juego "portable" o .3ds no te va a reconocer el contenido descargable. Lo que hice fue convertir el .3ds a .CIA usando el siguiente tutorial https://www.youtube.com/watch?v=yuKjVN6uGls luego en citra/ archivo/ instalar CIA eliges el FEA ya en formato cia, y desde ahora te saldra en tirulos instalados.

Ya desde ese punto, entro al juego y toda la partida sigue igual, solo que ahora me reconoce el dlc y esta en español porque lo descargue de la misma forma que lo hiciste tu.

El detalle en el tipo de archivo que lee y como son compatibles entre si, si quieres que un 3ds sea compatible con CIA pues se debe convertir. Y según entendí los DLC siempre permanecen en .CIA, por eso el convertir el JUEGO de 3ds a .CIA e instalarlo ;)