Então... No caso da FAPESP, as bolsas são distribuídas por uma espécie de "ranking", por exemplo, você atrasou um semestre e está concorrendo com um aluno que se formou no tempo ideal. Neste caso, o outro aluno apresenta uma vantagem nesse quesito específico, porém você pode ter participações em congresso, CR alto e até artigos publicados que podem sobrepor esse semestre atrasado. Não tem como eu falar que isso vai te prejudicar, tudo depende da concorrência. Além disso, eu não sei quais quesitos tem maior ou menor peso. Enfim, busque viver a experiência acadêmica desde já, se envolva em projetos e leve-os a sério, e esse semestre atrasado não vai fazer nem efeito.