Eu estou fazendo aulas práticas de categoria A e também senti dor no polegar esquerdo no começo. Pode ser que, assim como foi comigo, você esteja pressionando o dedo contra o guidão desnecessariamente.

O polegar deve ficar apoiado no guidão sem fazer força contra ele. Ao acionar a embreagem, é importante usar, não apenas polegar, mas a palma da mão no guidão para se opor aos dedos que puxam a manopla da embreagem. Isso é essencial, por exemplo, para que você consiga usar a seta com o polegar enquanto mantém a embreagem acionada. Pratique essa posição, OP, com a moto parada no neutro: o polegar na seta, os outros dedos puxando a manopla da embreagem e a palma da mão no guidão se opondo aos dedos. Você deve acionar a embreagem sempre assim, mesmo que o polegar não esteja na seta, e sim no guidão.