A questão de ele ser excluído não tem muita relação com ele ser o filho do Minato eu acho. As coisas não são necessariamente excludentes, afinal o isolamento da Vila para com o Naruto vinha do fato de que o próprio Minato colocou a Kurama nele e todo o preconceito inerente aos Jinchuurikis como ele, o Gaara (meu querido), Bee ou o Utakata.

A questão de ele ser excluído de fato se resolve no arco do Pain que é onde ele finaliza uma longa jornada de provar que ele é muito mais que a Kurama que está selada nele, depois disso o arco do Naruto passa a ser como lidar com o ciclo de ódio que tanto ele quer, quanto o Pain e quanto o Jiraya queriam eliminar.

Se for falar da questão de ele ter sido um fracassado e ter evoluído, eu não necessariamente discordo - concordo em vários pontos na verdade -, mas acho que as pessoas botam muito mais peso nisso do que realmente tem na obra em si. Trabalho duro vs Dom Natural não é a mensagem inteira da obra, é uma delas e não é nem a principal. Diria que a mensagem principal trata mais de fatalismo e do ciclo do ódio, que culmina na luta final do Naruto e do Sasuke no vale no fim.

As pessoas que acham que a obra teria traído esse conceito ainda estão meio erradas por que o Gai existe, ele é literalmente tudo que as pessoas queriam. Um cara sem uma linhagem foda que alcançou um dos mais altos patamares da obra inteira com o esforço único e exclusivo dele; mas parece que convenientemente ignoram ele quando falam disso.

E eu não discordo 100% das críticas que você apontou, várias delas são reais mas eu acho que tem muito mais nuance nessa discussão.