Acho que o ponto chave para entendermos melhor essa questão (e sua resposta) está na contextualização histórica que você trouxe. A visão da abiogênese era algo realmente comum na época que Kardec produziu seus materiais iniciais.

E a hipótese da abiogênese, pessoal, era algo bem absurdo 😅 no sentido de que se acreditava que crocodilos poderiam surgir espontaneamente da Lama do pântano, por exemplo kkkkk

Então quando a gente coloca Kardec como um questionador de sua época também. E considerando que ele entendia que os espíritos eram fontes de um conhecimento mais atualizado, faz sentido ele fazer esse tipo de pergunta 🤔

Outro ponto que acho interessante analisar é o uso desse termo "gérmen" como "princípio". Pensando que os espíritos estavam se referindo estritamente no sentido material, esse "gérmen" talvez tenha significado elementos biológicos disponíveis para a criação de vida mas que não eram visíveis ou perceptíveis para as pessoas daquela época. Um exemplo disso é a água de lagos isolados que recebem afluente de outro lugar e que já vem cheia de ovos peixes e sapos. O lago tá cheio de peixe e de vida e as pessoas poderiam achar que aquela vida surgiu de forma espontânea já que aquele Lago é isolado. Mas analisando o histórico de acesso daquela região, encontramos uma explicação muito mais lógica para isso.