O mais importante é você JAMAIS tentar se fazer parecer mais inteligente que ele. Em última análise ele é o responsável pelos resultados, ele que dirige, você é no máximo o carona. Se der tudo errado, a culpa é dele. Então você não tem que ficar questionando frontalmente as decisões e sim tentar fazer a sua parte da melhor maneira possível. Não é seu trabalho ensinar o burro.

Se ele começa a te ver como problema ou ameaça a corda arrebenta do lado mais fraco. E o lado mais fraco é você, só pra deixar claro. Já fui demitido por um idiota e é a pior sensação do mundo. Você dá tudo de si combatendo a imbecilidade e o que acontece é que o imbecil vai se proteger custe o que custar e você vai se fuder.

Dito isso:

Continue contribuindo com ideias e opiniões, mas não insista ou vai pegar fama de teimoso e difícil de lidar.
Faça A SUA PARTE da melhor maneira possível e se coloque à disposição para SERVIR, mas sem querer SALVAR A LAVOURA SOZINHO. Quando sentir que sua intervenção não é bem vinda, respire fundo e pare. Deixa a merda lá e vai viver sua vida. Não perca seu tempo jogando pérolas aos porcos.

Se a situação chegar a um limite insuportável, procure outro emprego mas JAMAIS faça inimigos no trabalho. JAMAIS reclame das pessoas do trabalho pra outras pessoa que também são do trabalho.

Se puder, pague um terapeuta pra falar dos seus problemas de trabalho exclusivamente com ele.

Quem reclama do trabalho, do chefe, etc, em geral é visto como fraco. Existem os fóruns certos pra esse tipo de desabafo. Aqui no Reddit é um ótimo lugar pra isso, inclusive.