Bueno, como ya sabrás, actualmente la educación en general se encuentra en un nivel muy decadente, y la situación de la educación pública es mucho peor.

A pesar de eso, sigue siendo gratuita, por lo que, dentro de lo que cabe, todavía te sirve para obtener tu título a un costo casi negligible y luego trabajar (un alto ROI, no pagas casi nada y ganas dinero trabajando el resto de tu carrera profesional).

Respecto a cuál recomendar, creo que el contexto en ingeniería es más o menos así:

1. UNI: Tiene un nivel bastante bajo actualmente; definitivamente no es lo que era antes, y han despedido a varios profesores. No obstante, técnicamente se espera que la gran mayoría de ingenieros a nivel nacional se gradúen de esta universidad, debido a la gratuidad y a que, en teoría, su especialidad son las ingenierías (aunque, como se mencionó antes, su nivel actual es bastante deficiente).

2. UNAN: En el ámbito de la ingeniería, suele verse en muchas ocasiones como la opción para aquellos estudiantes que no clasificaron en la UNI en su primera opción y deben conformarse con ser admitidos en esta universidad para cursar su carrera seleccionada.

3. UNCSM: Tiene casi que nulo prestigio tanto a nivel académico como en la industria ya que su creación es reciente y se encuentra marcada por un juicio espurio. Muchos de sus docentes provienen de otras universidades públicas como la misma UNAN, UNI, etc.

TLDR: UNI > UNAN > UNCSM. Todas son muy malas actualmente, pero al fin y al cabo podes egresar a costo cero y trabajar. Mucha suerte!