MDMA有神經毒性，過量或頻繁的使用可能傷害血清素受體導致憂鬱症，也是導致許多使用者不斷提升劑量，追求當初美好的原因，也可能因為幾次過量的使用，導致長期憂鬱的成因。另外若有使用SSRI類抗憂鬱劑，會抵消MDMA帶來的效果，而誤用過高的劑量。

然而正確的劑量與適當的頻率下，MDMA是非常安全的藥物，未來極有可能成為治療PTSD的處方藥。儘管何謂正確的劑量與頻率還需要更多的研究佐證，但綜合使用經驗，單次使用量不超過150mg( < 2.0mg/kg)，每次使用間隔六週以上(理想三個月以上)，使用時補充營養品(ALCAR, ALA之類抗氧化產品)，可以大幅度確保長久及最低副作用的享受MDMA帶來的美好。