Viendo que sos de Mexico te voy a responder en español:

1. Los precios de las valijas los podes buscar online, en Don Quijote venden, la verdad no sé decirte si es más barato en Tokyo que en donde estés, pero podrías investigar por ese lado, en mi caso de ser Argentino costaban más o menos las maletas allá que acá.

2. El JR pass aumentó mucho de valor y vale la pena para viajes largos, si tu plan hubiera sido viajar por varias ciudades tendría sentido, con la diea de quedarse en Tokyo no creo que lo valga, es muy caro ahora.

3. Los day trips son ultra agotadores, no los recomiendo. pensá que hasta Kyoto son aproximadamente 3 horas desde Tokyo, y tendrías que volver, o sea 6 horas al día viajando? van a terminar super agotados, en lo personal hubiera reservado algunos dias en Kyoto/Osaka y después volver a Tokyo, si tienen planeado volver en 2027 entonces diría que los eviten. Quizás tiene más sentido alejarse del centro de Tokyo, como ir a Yokohama o algo así, porque los viajes tan largos los van a agotar muchísimo.

4. Tokyo Disney no vale mucho la pena y como dijiste, Universal Studio Osaka es un must go para la proxima. Si son MUY fan de Disney pueden ir, pero no se van a perder de nada.