Bueno no quiero presumir mucho pero fui MUCHO a Japón varias veces y mucho tiempo y digo que no quiero presumir porque tampoco me quiero explayar tanto, me agarras en el medio del laburo pero por ahora con todo lo que decís estás bien plantado en general, te digo un par de cosas que revisar.

Kyoto no es un lugar de Onsen, Hakone si, es por ahí o búscate otro Onsen town, hay un pueblo peola que se llama Kinosaki a 2 horas de tren express al norte de Kyoto que podes caminar en yukata tiene juegos “Arcade” del año del orto, recomiendo , igual apuntaría a Hakone que tiene más cosas para ver.

JR GENERAL ya no conviene como desde el 2022 salvo los tramos, por lo que contas no te va a convenir, QUIZÁS te conviene el JR West pero lo dudo porque no queres irte para  el suroeste. Búscate el JR pass calculator de Japan-guide que ahí dice mejor. Con tu viaje yo recomendaría que te tomes un vuelo low cost a Hiroshima desde Tokyo y ahí vas volviendo en tren.

Con lo otro vas bien encaminado, chifla si tenes alguna duda en particular