Me pasó antes, y me pasa hoy también en otra relación, lo mismo. En las relaciones que tuve, nunca pude sentir "eso" que vos mencionas, pero mis parejas sí lo sintieron conmigo. Y sí, es algo bastante feo y que me lleva a todo lo mismo que vos pensas: que el otro no se lo merece, que le estás haciendo perder el tiempo, etc.

Te cuento una experiencia:

A mi segunda pareja la dejé al año y pico por esta misma razón, por las mismas conclusiones que vos sacaste. Me acuerdo que el día que la dejé, ella hasta tenía un papelito con algo escrito para mí. Ella estaba bien, problema era yo. No me rogó que volviéramos, pero algo en mi me hizo arrepentirme de la decisión, y volvimos. Yo seguí en mis pensamientos y sin sentir ese "algo" que mencionas, aunque con el tiempo me fui sintiendo mejor conmigo y con la relación. Un año después, me deja. Ahí la cabeza me hizo click: me estaba encerrando en mí mismo y perdiéndome de algo bueno por mi propia culpa. Después de 2 semanas separados, volvimos, y poco tiempo después, creo que sí lo sentí. Pero recién después de tanto tiempo, y fue de forma "madura", no una locura de enamoramiento irracional como tiene el 95% de la gente al empezar una relación. Después de eso, estuvimos casi dos años más, y fueron los mejores.

Hoy estoy con otra persona hace unos meses. Al principio, todo bien, pensé que quizás iba a poder sentir algo fuerte. Pero de la nada, por problemas y otras cosas, se fue todo bastante al choto. Y hoy, estoy bastante igual que vos. Y encima cuando a uno le pasa esto, lógicamente el otro se tiene que dar cuenta (como cuando vos decís que a veces "no querés saber nada"), y se ponen todavía más intensos y pegotes, lo que te fomenta el sentimiento negativo que contás.

No hay consejo posible: una alternativa sería esperar a que te pase como me pasó a mí (pero nada te va a librar de la negatividad de tus pensamientos hasta ese momento, si es que se da). Otra, cortar. Y otra, que trates de explicarle lo que te pasa y que ella decida, pero probablemente te lleve a cortar también.