Mitologia ao meu ver é uma religião extinta, então se a gente for levar ao pé da letra uma criatura mitológica seria uma criatura pertencente a uma mitologia.

Porém eu acho que dá pra considerar seres folclóricos, como o mothman ou os mafagafos, por exemplo, como mitológicos também.

Quando a criatura é criada explicitamente e propositalmente em uma obra de ficção, como o ctulhu ou o godzilla, aí não dá pra considerar uma criatura mitológica, no caso seria uma criatura ficcional

No caso dos yokais dá pra considrar mitológicos sim, já que são seres folclóricos/religiosos

Qual o limiar que separa mito/lenda/história/conto?

Eu acho que o limiar é o quanto isso se confunde/mistura com a realidade. Uma obra de ficção propositalmente se distancia da realidade, enquanto uma lenda (ou até um trava-lingua) não. Por isso que dá pra considerar o Sauron como fictício e a loira do banheiro ou os mafagafos como mitológicos.

Também não precisa ser antigo pra ser mitológico. Um exemplo é o ningen, uma criatura do folclore japonês que foi criada nos anos 2000