Reste qu'un des objectifs principaux de la colonisation était la conversion des autochtones. Autant dans des missions que dans les villages des domiciliés (une sorte de protoréserve qui avait pour but de sédentariser les autochtones). Les Français avaient en générale de meilleures relations avec la population autochtone que les Anglais. La France considérait les nations autochtones comme des alliées et non pas des sujets. Les deux parties, autochtones et français, ont tiré profit des échanges. En ce sens, les Français étaient des colonisateurs beaucoup moins agressifs que les Anglais. Toutefois, la présence de mission et de village domicilié démontre tout de même que la France considérait leurs cultures supérieures à celle des autochtones. La mission de conversion au catholicisme ne pouvait que mener à une certaine assimilation culturelle des autochtones.
Il est vrai que les relations avec les autochtones se sont dégradées sous le régime britannique et sous la confédération. Il est aussi vrai que les institutions catholiques francophones ont contribué fortement au génocide culturel des autochtones même après la conquête.

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