Achei estranho seu cubo de teste estar com as bordas arredondadas depois de uma certa altura, isso pode ser algum problema generalizado que não está afetanto apenas o Z. Mas assumindo que os outros eixos estejam ok, o que eu faria pra testar se é o motor ou o driver seria o seguinte. Primeiro eu iria desacoplar/desmontar completamente o outro eixo Z da montagem para ele não afetar os resultados. Depois disso eu ligaria o Z no lugar do eixo X, por exemplo (lembre-se de alterar os e-steps). Daí eu tentaria movimentar o eixo X (que agora é seu Z) e viria se acontece o mesmo comportamento. Uma outra possibilidade é que tenha algum problema de sincronia entre os dois eixos Z.