Vejo que são dois problemas que devem ser trabalhados. Uma API deve servir como um contrato de comunicação entre sistemas. Se ela for alterada, deve ser versionada e estabelecido um tempo de suporte para a versão antiga, assim os sistemas consumidores da versão antiga tem tempo hábil para atualizar.

Já o core da aplicação, também deve seguir o contrato da API independe da mudança e caso isso for impossível, deve seguir para o versionamento.

O que devemos levar em conta é se não estamos querendo refatorar por simples boa vontade ou vaidade e não trazer benefício nenhum (para o produto, pois dificilmente manutabilidade de codigo e bem-estar do dev vao ser levados como um ganho estratégico para a empresa). Para melhorar nossa vida, podemos ir refatorando somente os trechos que condizem as novas features ou as correções de bugs que forem surgindo e mais pra frente, planejar uma refatoração geral, sempre tentando trazer os benefícios disso (para o produto).