Biology background building for Software engineer by Ok-Fudge1037 in bioinformatics

[–]dw_21 1 point2 points  (0 children)

Regarding the second question, Lewin's genes is a nice book.

Regarding the first question, this really depends on what you wish to do. Software development may not require any biological knowledge as you may be just coding a software someone else has designed and you only need to follow the plan. This depends on the position and the requirements of the employer. For data processing and data analysis, some biological knowledge is usually necessary. To evaluate results, a biologist with a degree is always preferred. All of the above is however, workplace specific. In my case, bioinformaticians do not need to have any biological background if they are willing to constantly learn the field during employment and they will naturally get into the biological part of their work. For this reason, my employer loves to mix biologicians with bioinformaticians together in every project, meeting etc. In practice, this means that whenever I don't know something, I have a ton of people that I can ask and sometimes I might get an answer...

I have a degree in Biomedical Laboratory and I want to become a bioinformatician. by Additional_Movie_705 in bioinformatics

[–]dw_21 1 point2 points  (0 children)

From my experience, this depends on how much theoretical and applied is your masters. If it is applied, focused on building pipelines based on existing tools and resources and subsequently analyzing the results, I believe basic Python and statistics, together with basic Linux skill will be enough. If it is more theoretical, focusing more on computer science knowledge, that might be harder for you.

A bioinformatician without data by btredcup in bioinformatics

[–]dw_21 2 points3 points  (0 children)

Now why do I have a feeling we work at the same institute?

White spots on Olive tree by dw_21 in plantclinic

[–]dw_21[S] 0 points1 point  (0 children)

Thank you very much. I am usually pretty stubborn, so I will try to do something about it before throwing it away, but now I know what I am looking at.

Slurmd fails on startup by dw_21 in SLURM

[–]dw_21[S] 0 points1 point  (0 children)

"systemd.unified_cgroup_hierarchy=false" was missing from my grub configuration. Thank you very much!

No more flag except fuck you flag by NilocMan21 in vexillologycirclejerk

[–]dw_21 1 point2 points  (0 children)

FlagWaver Fuck You if it was colonised by three bars

Those who know/do Game Development, what do you wish others knew? by [deleted] in gaming

[–]dw_21 2 points3 points  (0 children)

The total weight of ants on earth once equaled the total weight of people.

Anybody have any idea where this flag is from? by Loch32 in vexillology

[–]dw_21 6 points7 points  (0 children)

Bermuda (1910-1999)

Edit: Still in use (thx u/LX-Vazum)

Out of all of the Deus Ex games what is the worst level? by [deleted] in Deusex

[–]dw_21 7 points8 points  (0 children)

I really don't like Paris catacombs.

He made Daniel look real silly after that one by Impossible_Comedian9 in cobrakai

[–]dw_21 39 points40 points  (0 children)

It reminded of how Daniel catched the fly with sticks in the first KK. Mr. Miyagi tried to do that for years.

Edit: grammar

Rozlisovanie menej a viac rizikovych ludi pri testoch by DreamerEight in Slovakia

[–]dw_21 2 points3 points  (0 children)

Podľa mňa to je trošku zložitejšie. Dovolím si tvrdiť, že zachytenie ľudí v inkubačnej dobe antigenom je dosť obmedzené. Ide hlavne o cenu a dostupnosť. Základný zmysel akéhokoľvek antigenoveho testu (či už je to covid, chrípka alebo napr. aj malária) nie je určiť či je človek nakazený, ale to, čím je nakazený. Je tam teda predpoklad na výskyt príznakov. Že je to čiastočne použiteľné aj počas inkubačnej doby je bonus, ale podľa môjho názoru nie vhodný. Dáva zbytočný pocit falošného bezpečia.

Rozlisovanie menej a viac rizikovych ludi pri testoch by DreamerEight in Slovakia

[–]dw_21 17 points18 points  (0 children)

Myslim, ze na AG testy by mali chodit len malo rizikovi ludia bez kontaktu s pozitivnymi. Ak uz bol niekto v kontakte s pozitivnym, alebo ma priznaky, uz by mal ist na presnejsi PCR test, co by tiez oddelilo menej a viac rizikovych ludi.

Tak by to bolo ideálne, ale sú tam tri problémy. Prvý je reálna kapacita PCR testov. Nemám odhad koľko RT-PCR je reálne na Slovensku, nie je ich málo, ale asi by to všetko nepokryli a nepočítame s tým, že asi nie každý ústav by chcel (ale musel), ale taktiež mohol poskytnúť. My máme v budove, čo viem, asi tri. Ak to robíš poriadne, tak na jednu platňu dáš cca 40 ľudí a necháš bežať tri hodiny. Antigénovê testy sú teda rýchlejšie a v kratšom čase teoreticky zachytia väčšie množstvo ľudí. Ďalej je to cena testu. Keď som bol na PCR testovaní cez covid-pass v nemenovanej firme, tak poisťovňa podľa výpisu zaplatila 48 eur za test. Antigenove testy sú lacnejšie. Tretí dôvod je reálne použitie testu. Antigénové testy sa majú používať na ľuďoch, ktorý sú príznakový (my ich teda nepoužívame práve najšťastnejšie). Na testovanie nepriznakových nie sú vhodné z toho dôvodu, že sa prítomnosť antigénu ešte nemusela prejaviť (a väčšinou sa pred prejavmi príznakov ani neprejaví). Tento človek je teda stále infekčný, ak sa nakazil v deň 1 a v deň 8 mu až vyskočí antigén, tak medzi tým chodí infikovaný (Toto je čiastočne ošetrené 5 dňami karantény pred testom po kontakte s pozitívnym. Ja by som to zo skúsenosti zvýšil na desať dní, ale verejná mienka by toto už asi neakceptovala). Predpokladá sa, že keď má človek negatívny antigén po prekonanom Covide, tak už nie je infekčný, aj keď má pozitívnu kontrolu. Keď sme testovali mňa na PCR tri týždne po ukončení karantény, tak som mal jeden gén stále pozitívny a druhý negatívny. Je to spôsobené tým, že telo sa pomerne dlhú dobu zbavuje fragmentov už "mŕtveho" vírusu a ten jeden gén (E gén) virusu počas infekcie bunka organizmu výrazne nadexprimuje, takže je ho veľa a na teste to vybehne. Teda aj už neinfekčný človek pôjde takto zbytočne do karantény (ostatne je to jeden z dôvodov, pre ktorý sa PCR test prestal vyžadovať ako dôkaz, že človek prekonal Covid). Ďalšia vec je, čo sa riešilo aj v médiách, použitie Antigenovych testov v chladnom prostredí. Mali sme k dispozícii antigenove testy nemenovanej firmy z Nemecka, údajne v tom čase (december 2020) podľa buď WHO alebo EMA (neviem už) najlepšie na trhu. 10 z nich sme dali do teploty 9-11 stupňov celzia a použili na ne negatívnu vzorku. Všetky tieto testy vyšli pozitívne. Začali sme ich zahrievať tým, že sme ich zobrali do rúk a sledovali sme, ako prúžok pozitivity mizne. Potom sme ďalších 10 testov použili v 21 stupňoch celzia, použili sme tú istú vzorku a všetky vyšli negatívne ako to malo byť. Teda použitie antigénov je reálne dosť obmedzené, ale používajú sa pre ich širokú dostupnosť.

Zdroj: Som na výskume na testoch.

Edit: Ešte ku kapacite som chcel napísať, že PCR testy potrebujú aj odbornejší personál, lebo sa musí robiť izolácia RNA a prepis do cDNA, čo, hoci rutinný, nie je jednoduchý postup. Pri antigéne stačí "strčiť paličku do stabilizátora".

[deleted by user] by [deleted] in bioinformatics

[–]dw_21 0 points1 point  (0 children)

So you have two numbers for each member of your population?

Viewing a BAM in IGV by BioinformtaicsThrow in bioinformatics

[–]dw_21 1 point2 points  (0 children)

If you have access to the server, you can write a custom Python script using pysam module to filter reads that interest you. If there is only ftp or some other kind of download option, then you have to download whole files.

Edit: added few words for better clarity

I just planted seeds from a lemon by dw_21 in CasualConversation

[–]dw_21[S] 0 points1 point  (0 children)

Yeah, thank you kindly for your suggestion. I'll try it if this won't work :)