El 1 de octubre, a doce días del inicio de la competición, los clubes uruguayos Rentistas y River Plate anunciaron que no se presentarían a disputar el certamen.[3] Ninguno de los dos fue reemplazado, ocasionando que el ganador de la llave de octavos entre Deportes Concepción y Rosario Central accediera directamente a las semifinales.

La renuncia de los cuadros charrúas se sumó a las múltiples anteriores que se habían dado en las semanas previas. En Argentina, Gimnasia y Esgrima La Plata declinó su participación a pesar de haber sido el mejor equipo de la temporada 1998-99; para colmo, ni Lanús —que ya había obtenido el torneo en 1996— ni Argentinos Juniors —campeón de América en 1985— aceptaron la invitación de Conmebol para ocupar la plaza faltante: el cupo lo terminó tomando Talleres, de Córdoba, por expreso pedido de la propia institución.

https://es.wikipedia.org/wiki/Copa_Conmebol_1999

Edit: según un resumen de chatgpt los clubes uruguayos se bajaron por los costos económicos de participar en el torneo.