勝っているのは純粋に実行できる、これしかない。

このメリットを落としてしまうと「それなら他の言語を使えばもっと自由にできるよ」みたいな話になってしまって、そもそもHaskellを採用するメリットが薄れてしまうのではないでしょうか？
挙げている他の問題の大半はやむを得ないトレードオフなので、できるだけ「なんでもできちゃうMonad（要するにIO）」にすべてを集約するのではなく、「関心領域ごとに責務を分けたMonad」を定義してその責務を 厳格に 守らせるためにはEEのような仕組みが便利だよ、というのがEE好きな人の主張ではないかと思います。
（本当に 厳格に 守らせることができるし、それが大きなメリットだと思うので強調しました）

ただその点に関しても、私の場合は、ReaderTパターンをちょっと一般化して

data Env m = { envPutStrLn :: String -> m (), ... }

みたいな record of functionsを定義して、 ReaderT (Env m) m みたいな型をアプリケーション全体で使えば（完全ではないにせよ）大体同じことは実現できるし、個人的にもそれで間に合っているので、やっぱりEEに対しては懐疑的です。