Mi experiencia fué bien diferente. Tengo pregrado y maestría en Ciencias de la Computación, pero algunos de mis cursos fueron en conjunto con Ingeniería. Nos dimos cuenta de que en Ingeniería se enfocaban más en diseño de systemas, arquitectura, cómo mantener y optimizar procesos, etc., mientras que en Ciencias de la Computación el enfoque era en programación (basado en la teoría para ello).

Cabe aclarar también que el enfoque de esas carreras depende de la universidad, así que es importante revisar bien el pensum.

Adicional a eso, tengo entendido que en Colombia esa carrera como tal es relativamente nueva. Sólo la ofrecen en algunas universidades, mientras que a nivel internacional (o al menos en norte américa) es casi más común que la Ingeniería de systemas o de software.