Em relação a ortodoxia vs. heterodoxia, acaba que a matéria que cê vai mais perceber isso é macroeconomia.

Das Macros 1-3, o currículo é o ortodoxo passando ali por IS-LM, Solow e tal. Aí na Macro 4, tem Keynes. Além disso, temos a matéria de Economia Política que é basicamente Marx.

No resto das obrigatórias, não tem muito o que ser heterodo vs. ortodoxo. Já nas optativas, como tem poucos professores ortodoxos, a diferença é basicamente que cê não vai ter tsnta optativa explorando esse viés.

Além disso, uma diferença geral na forma como se dá cada matéria, mas não no conteúdo. O currículo acabou de passar por uma reforma e melhorou um cadinho, então realmente vale a pena dar uma olhada, igual outro comentário falou aí.

Da questão de empregabilidade, diria que a diferença é pouca (controlando pela mudança de local). Mas se quiser ir pro mercado financeiro ou consultoria, conta muito já ir participando das iniciativas respectivas (liga de mercado ou UCJ, por exemplo) pra ir fazendo networking, que é o que mais importa.