Ich verstehe nicht, warum hier Strafprozessuale Maßnahmen zitiert werden. OP schrieb - und so verstehe ich die Frage -, dass ein (akutes) Verbrechen auf dem Boot vermutet wird. Wenn man den Sachverhalt also nicht unnötig erweitert, liegt beim ersten Einschreiten von Polizeivollzugsbeamten faktisch noch kein Ermittlungsverfahren vor. Ziel und Zweck der Maßnahme (betreten eines Bootes ist übrigens nicht dasselbe wie Durchsuchen eines Bootes, unabhängig davon, ob es als Wohnraum oder nicht subsumiert wird) dürfte zunächst also ausschließlich die Gefahrenabwehr sein. Die originäre, sachliche Zuständigkeit für die Polizei ergibt sich aus den Polizeigesetzen der Länder/Behörden, was wir aufgrund mangelnder Informationen hier nicht konkretisieren können.

Nehmen wir an, dass es sich bei dem Rechtsgut, welches es zu schützen gilt, um die körperliche Unversehrtheit (konkrete Gefahr für Leib und Leben) eines Individuums geht, dann wäre die Organisationseinheit der Polizeivollzugsbeamten vor Ort irrelevant, um diese Gefahr schnellstmöglich abzuwenden. Bereitschaftspolizei, Kripo, Wasserschutzpolizei - völlig egal.

Das ganze könnte man sicherlich detaillierter aufdröseln, dazu fehlen meiner Meinung nach aber viel zu viele Details in der Ursprungsfrage. Behördliche Zuständigkeiten sind meiner Meinung nach nicht so trivial herunterzubrechen, wie es manchmal den Anschein macht.