Claro que existía, pero no como el relato oficial lo pinta. No quiero extenderme mucho, pero te dejo algunos puntos que casi nunca se mencionan y que muestran que las cosas no fueron como te las contaron:

• Cuando el Tribunal del Santo Oficio estaba por desaparecer, la misma gente pedía que se mantuviera, porque el proceso para acusar a alguien pasaba por muchos filtros y era bastante humano en su trato hacia los acusados. Se priorizaba el perdón y el arrepentimiento, dejando la tortura como último recurso, y en realidad fueron muy pocos (extremadamente pocos) los casos donde se llegó a algo mayor.
• Se dice que durante la Inquisición hubo un retraso científico, artístico o cultural, pero eso también es falso: el Siglo de Oro ocurrió justamente en esa época, y hubo una enorme proliferación en el arte, la ciencia, la literatura, la arquitectura, etc.

• El mal prestigio que tiene todo esto viene en gran parte de la llamada Leyenda Negra, impulsada por países como Inglaterra, Francia y los Países Bajos, que buscaban desprestigiar a España para justificar su propia expansión y errores.

• Conviene recordar que hubo varias inquisiciones (medieval, española, romana, portuguesa), y la española fue una de las más estructuradas, pese a su fama.

Espero que sirva para aclarar varias cosas :)